故事的开始
一切源于《命令与征服：红色警戒2》（以下简称RA2）。有一天，美国突然发现大批苏军从四面八方赶来。杜根总统质疑苏军）总理罗曼诺夫，没想到苏联这边竟然要吞并美国，统一世界！杜根立即下令发射核弹进行反击，但苏联已经有了控制人心的能力。罗曼诺夫命令尤里控制发射人员，导致核弹在发射井内爆炸，对盟军造成重创，杜根派兵与苏军奋战至死……
RA2（红色警报2） 结束
盟军结局：指挥官和坦妮娅依靠佛罗里达州的爱因斯坦时空球成功入侵莫斯科，进入克里姆林宫，俘虏罗曼诺夫，将他送往伦敦受审。而不知去向的尤里，也渐渐浮出水面……
苏军的结局：尤里为了夺取国家最高权力尤里的复仇核弹怎么改只能自己有，用精神控制技术谋杀了总理罗曼诺夫，陷害并处决了维拉迪莫将军，随后苏联情报人员截获了罗曼诺夫生前的消息。录像带揭露了真相。之后，玩家成功统一世界，成为苏联新任总理。
尤里的阴谋
盟军打败了苏联的入侵，取得了巨大的胜利。当美军以为自己已经成功打败了邪恶势力的时候，尤里展示了他的恐怖计划：尤里已经完全掌握了精神控制技术。苏联解体后，尤里独自建立了新的国家，正式实施了他的复仇计划。他在世界各地部署了一个名为 Psychic Dominators 的超级武器网络尤里的复仇核弹怎么改只能自己有，试图控制所有人的思想。然而，盟军拥有爱因斯坦的伟大创造——时间机器。指挥官需要通过时间机器回到战争的开始，摧毁世界的心灵控制器，摧毁尤里的武装力量。另一方面，
YR（尤里的复仇）结局
盟军结局：尤里在南极洲的基地被盟军摧毁，尤里被俘，他将在爱因斯坦教授的精神隔离室中度过余生。时间线重聚将世界恢复到 YR 战役之前，死去的卡维利将军复活，苏联成为盟军的附属国。
苏联结局：尤里躲在家乡罗马尼亚的堡垒被苏联人摧毁。尤里想逃离失败的命运。他修好，启动留在旧金山的时光机，驾驶时光机逃跑。但是苏联少尉索菲亚仍然有控制时间机器的代码。她巧妙地将尤里传送到白垩纪并释放时间机器的所有力量，让尤里被困在白垩纪并被霸王龙吃掉。苏军终于征服了地球，连月球都被并入了苏联，苏联还在太阳系之外扩张。
