1959年1月，菲德尔·卡斯特罗发动革命，推翻了亲美的巴蒂斯塔独裁政权，建立了古巴共和国。随即，卡斯特罗颁布了土地改革法，将美国大公司和古巴庄园主的产业收归国有，并与苏联和东欧国家建立了外交关系，从此站在了共产主义阵营。
1962年4月，赫鲁晓夫与苏联国防部长马利诺夫斯基聊天时，马利诺夫斯基说：美国在土耳其有导弹基地，从这个导弹基地发射导弹只需6-7天。苏联南部的工业中心和海军基地可以在几分钟内摧毁，而苏联导弹则需要20多分钟才能击中美国大陆！赫鲁晓夫立即表示：既然美国可以在土耳其部署导弹，那么苏联也可以在古巴部署导弹！
赫鲁晓夫之所以打破苏联不向国外部署导弹的做法，愿意冒险一试，是因为他断言美国不会因此而开战，即使美国采取行动，苏联可以妥善处理。但显然赫鲁晓夫低估了肯尼迪的胆量。
1962年7月，苏联与古巴签署协议，苏联正式向古巴运送导弹及相关设施。大批苏联船只驶往古巴，这一奇异现象立即引起了美国情报部门的注意。10月15日，根据侦察结果获悉，古巴目前正在安装3个中程导弹发射基地，还有21架可携带原子弹的Il-28轰炸机。这些核武器只需2到3分钟就可以摧毁。美国几乎所有的大城市，背后都有苏联。
于是，10月16日，肯尼迪紧急召集美国国务院、国防部、中央情报局等部门的领导人到白宫开会。肯尼迪在会上表示，美国只能用武力迫使苏联拆除这些导弹。但这意味着将与苏联发生直接冲突。如何避免与苏联发生冲突，拆除古巴导弹，是美国面临的一大难题。
紧接着，就提出了外交解决危机的办法，但苏联可以推迟谈判，以便把生米煮熟，所以这个提议很快被否决了。于是，有人提出对古巴正在建设的导弹基地进行空袭。不过，美国虽然知道苏联在古巴建导弹基地，但不知道有多少，有没有隐藏在隐蔽处的导弹基地。而如果扩大空袭规模，那就和正式入侵无异，恐怕最终会招致苏联的报复！
在美国高级官员陷入疯狂之际，美国国防部长麦克纳马拉提议对古巴进行海上封锁。这个方案比较温和灵活，不容易引起苏联的报复古巴导弹危机中的各国，对古巴的海上封锁可以充分发挥美国海军的优势；不过，这个计划的弱点也很明显，虽然可以阻止苏联的报复，但将更多的核武器带入古巴，对古巴正在建设的导弹基地却无济于事。
投票后，大多数代表支持对古巴实施海上封锁。因此，10月22日，肯尼迪在白宫发表讲话，宣布美国将“隔离”古巴。10月24日上午10点，美国对古巴的封锁正式开始。美军动用了8艘航母、2艘巡洋舰、118艘驱逐舰、13艘潜艇和68个空军中队，形成了从佛罗里达到波多黎各的弧线。形状封锁。另有 250,000 名美军在美国东南部集结。所有部队已进入二级战备状态，随时准备入侵古巴。1400多架携带核武器的轰炸机随时待命，战争一触即发。
显然苏联也不想与美国发生正面冲突。古巴被封锁后，所有前往古巴的苏联船只都被拦下或折返。尽管海上封锁初见成效，但古巴的导弹基地仍如火如荼，美军开始频繁出动战机对古巴进行低空侦察，向苏联施压。
10月26日，赫鲁晓夫给肯尼迪写了一封信，其中赫鲁晓夫表示苏联可以从古巴撤出导弹和军队，并承诺不再向古巴发送进攻性武器，但美国必须承诺不入侵古巴和解除对古巴的禁运。
肯尼迪对赫鲁晓夫的信大喜过望，就在他想着如何回信的时候，苏联莫斯科广播电台播放了赫鲁晓夫给肯尼迪的第二封信。在信中，赫鲁晓夫又增加了一个条件，就是要求美国撤回部署在土耳其的导弹。赫鲁晓夫提出的这个条件其实是可以理解的。事实上，美国在土耳其部署的导弹早已过时，肯尼迪早就有撤走的想法。但如果肯尼迪公开同意赫鲁晓夫的要求，世界就会认为美国为了自身安全而背叛了盟友。
然而，就在肯尼迪绞尽脑汁想办法应对之际，一架美国侦察机在古巴领空上空被击落古巴导弹危机中的各国，飞行员当场死亡。显然，这绝不是赫鲁晓夫和肯尼迪的初衷。现在这两个核大国开始失火。这不是好消息。种种迹象表明，局势开始失控。稍有不慎，第三次世界大战即将爆发！
为此，肯尼迪下令部队不得擅自行动，开火必须得到总统的批准。经双方调查确认，下令开火的是现场苏军指挥官，而不是赫鲁晓夫。为尽快化解危机，肯尼迪回复赫鲁晓夫的信并表示同意，但信中并未提及土耳其导弹的撤离，而是要求苏联驻美国大使向赫鲁晓夫口头转达美国各国将解决土耳其导弹问题。这将使美国能够秘密地从土耳其撤出导弹。
1962 年 10 月 28 日，在对古巴进行海上封锁四天后，酝酿中的战争结束了。
